Het ISO heeft, naast haar lidorganisaties die de medezeggenschap in Nederland vertegenwoordigen, een zestal convenantpartners. De leden van deze convenantpartners worden door het ISO ook vertegenwoordigd bij politiek overleg zoals de Studentenkamer. Deze politieke vertegenwoordiging houdt in dat, wanneer één van de convenantpartners een bepaald probleem binnen haar achterban signaleert, het ISO dit meeneemt tijdens haar overleg met het ministerie, politici en andere partijen uit het onderwijs. Daarnaast organiseert het ISO samen met zijn convenantpartners tal van activiteiten. Het convenantschap is zo ingericht dat de verschillende organisaties hun eigen identiteit volledig kunnen behouden, maar elkaar wel weten te vinden op de momenten dat dit wenselijk is.
Het ISO heeft op dit moment zes convenantpartners. Doel van het convenantschap voor het ISO is zo goed mogelijk inzicht in en betrouwbare toegang tot alle facetten van het studentenleven en de studieloopbaan. te krijgen. Het ISO heeft haar convenantpartners, evenals haar andere contacten, nodig om zich te kunnen laten informeren over specifieke onderdelen.
De LKvV vertegenwoordigt 47 studentenverenigingen en daarmee 40.000 studenten. De LKvV houdt zich bezig met alle zaken die studentengezelligheidsverenigingen aangaan.
Studentensport Nederland is de vertegenwoordiger voor studenten die bij een studentensportvereniging zijn aangesloten.
In 1999 heeft het ISO ook met AIESEC Nederland een convenant gesloten. AIESEC is het grootste internationale studentenplatform in Nederland. Het internationale netwerk van AIESEC is erg belangrijk voor studenten die willen werken of leven in het buitenland.
De missie van Integrand is het bevorderen van bedrijfsvaardigheden onder academische studenten. Studenten die denken aan hun carrière kunnen bij Integrand terecht. Om de koppeling tussen studenten en bedrijfsleven tot stand te kunnen brengen en te kunnen bewaken heeft het ISO aan Integrand een goede convenantpartner.
Erasmus Student Network is een organisatie die de internationale mobiliteit van studenten probeert te bevorderen. De primaire opvang en sociale integratie van internationale studenten behoren tot haar kerntaken.
De nieuwste convenantpartner van het ISO is UniPartners. UniPartners is een stichting die adviesopdrachten uitvoert in opdracht van bedrijven, instellingen en overheden. Het daadwerkelijke uitvoerende werk gebeurt door studenten. Deze worden daarbij begeleid door UniPartners.